Hlavním předmětem optimalizace byla rekonstrukce stávající dvoukolejné trati v úseku žst. Praha-Vysočany – žst. Mstětice, kompletní rekonstrukce žst. Praha-Vysočany včetně demolice původní výpravní budovy a výstavby nové, výstavba nástupiště a úpravy výpravní budovy v žst. Praha-Horní Počernice, výstavba podchodu a nové výpravní budovy v zastávce Zeleneč a rekonstrukce jednokolejné trati v úseku žst. Praha-Vysočany – odbočka Skály. V rámci stavby došlo ke změně odbočky Skály na výhybnu Skály. Nově byla vybudována zastávka Praha-Rajská zahrada.
Jednalo se prakticky o modernizaci všech zařízení dráhy: především železničního svršku, železničního spodku, objektů na železničním spodku, všech železničních mostů, propustků, trakčního a napájecího vedení, zabezpečovacího zařízení, sdělovacího zařízení, zařízení silnoproudé technologie a pozemních objektů využívaných pro technologii, provoz a cestující veřejnost.
Ve stanici Praha-Vysočany jsou nově k dispozici tři hlavní a tři předjízdné koleje. V rámci rekonstrukce se vybudovala tři nástupiště, z nichž jsou dvě ostrovní s délkou hrany 300 a 302 m a krajní délky 220 m. Všechna jsou s výškou nástupní hrany 550 mm nad temenem kolejnic a jsou vybavena prvky orientačního a informačního systému a doplněna o moderní mobiliář.
Ochranu cestujících zajišťují přístřešky na všech nástupištích. Původní nevyhovující výpravní budovu nahradila nová odbavovací hala umístěná pod úrovní kolejí u vstupu do podchodu z Paříkovy ulice. Nová nástupiště propojují dva zcela nové podchody. Část původního podchodu se zachovala při výstupu na 2. nástupiště a cestující mají možnost nahlédnout proskleným vstupem do historie. Bezbariérovou přístupnost nástupišť zajišťují eskalátory a výtahy z podchodu. Druhý podchod není vzhledem ke stísněným poměrům a umístění výstupů na začátku nástupišť přístupný bezbariérově.
Ve stanici Praha-Horní Počernice proběhla modernizace výpravní budovy, před kterou vzniklo nové nástupiště o délce 220 m. Stávající ostrovní nástupiště bylo prodlouženo také na 220 m. Podchod a přístřešek na ostrovním nástupišti zůstávají beze změn. K dispozici jsou kromě dvou hlavních a tří předjízdných kolejí také jedna kusá manipulační kolej pro odstavení nebo nakládku vozů a jedna účelová kolej Správy železnic.
Původní odbočka Skály se zmodernizovala a přeměnila na výhybnu Skály. Tím se stal úsek od Skal po Vysočany dalším tříkolejným úsekem na území Prahy a tvoří jej koleje č. 0, 1 a 2. V navazujícím úseku výhybna Skály – Praha-Vysočany je možné využít všechny tři traťové koleje, jak pro trať do Lysé nad Labem, tak také do Turnova.
Součástí stavby je nová zastávka Praha-Rajská zahrada, situovaná v blízkosti stejnojmenné stanice metra linky B, s přístupem po nově vybudované lávce přes Chlumeckou ulici a železniční trať do Borské ulice. Investorem výstavby této lávky je hlavní město Praha. Realizací zastávky, jejíž součástí je jedno ostrovní a jedno vnější nástupiště, oboje o délce 220 m s výškou nástupní hrany 550 mm nad temenem kolejnice, dochází ke zlepšení přestupních vazeb mezi železniční a městskou hromadnou dopravou, železnice se lépe zapojí do systému Pražské integrované dopravy.
Cílem stavby Optimalizace traťového úseku Mstětice (mimo) – Praha-Vysočany (včetně) je přispět k vytvoření kvalitního systému železniční dopravy České republiky, který by v integraci a návaznosti s již vybudovanou sítí ČR a s železniční sítí sousedních států mohl obstát v silné konkurenci především silniční dopravy a zajistit plnění závazných parametrů modernizované trati. A to společně i s ostatními připravovanými stavbami na rameni Lysá nad Labem – Praha-Vysočany. Jedná se především o prostorovou průchodnost UIC GC, traťovou třídu zatížení UIC D4, úpravy geometrických parametrů koleje odstraňující lokální omezení rychlosti, zajištění dostatečné kapacity dráhy, dodržení hygienických limitů hluku a vibrací, nahrazení nevyhovujících konstrukcí a zařízení, zajištění přístupu pro osoby se sníženou schopností pohybu a orientace.
